In der Regel entscheidet der Rat bei ordentlichen Gesetzgebungsverfahren (Normallfall) mit qualifizierter Mehrheit. Ab 2014 gilt dazu ein neues Verfahren: Eine qualifizierte Mehrheit ist erreicht, wenn 55 Prozent der Minister im Rat dafür stimmen, die gleichzeitig 65 Prozent der Gesamtbevölkerung Europas repräsentieren. Man spricht dann von einer Doppelten Mehrheit.

Von diesem Verfahren gibt es Ausnahmen: Bei Verfahrensfragen entscheidet der Rat mit einfacher Mehrheit, bei der Außenpolitik oder Steuerpolitik nach dem Einstimmigkeitsprinzip.

Die Stimmen im Rat verteilen sich proportional zu der Größe und Gewichtes des Staates. Die großen Staaten erhalten 29 Stimmen. Malta als Land mit den geringsten Stimmanteilen erhält drei Stimmen. Insgesamt gibt es 352 Stimmen im Ministerrat.